総人口230万人の約8割が学生という『学園都市』と呼ばれる場所で、住民である生徒達は超能力を開発する特殊なカリキュラムが組まれていた。その生徒の一人である高校生、上条当麻の評価は落第寸前の無能力(レベル0)。なぜなら彼の右手には、“異能の力ならなんでも打ち消す”謎の力が宿っていたからだ。そして彼はこの右手のおかげで、“神のご加護”まで打ち消し、常に不幸な人生を送っていた。そんなある日、上条の部屋に純白のシスターがいきなり空から降ってきた。そして、その少女はこう言った。自分は“魔術”の世界から逃げてきた──と。

とある魔術の禁書目録