突如、東京湾アクアトンネルが巨大な轟音とともに大量の浸水に巻き込まれ、崩落する原因不明の事故が発生した。慌てふためく政府関係者が情報収集に追われる中、謎の巨大不明生物は上陸。人々の前に突然現れ、次々と街を破壊し、止まること無く進んでいく。人智を遥かに凌駕する完全生物・ゴジラに対し、人間に為す術はあるのか？（監督：庵野秀明, 樋口真嗣）

シン・ゴジラ